比照基因组合成Yarrowia lipolytica BBE
二、比照单核苷酸多态性以及小片断插入与缺失的基因合成
与参考基因组比照,Yarrowia lipolytica BBE-17共有43921个单核苷酸多态性(SNP)变换(图3),组合其中42577个是比照纯合SNP,1344个是基因杂合SNP,27515个是组合转换的SNP,16406个是比照颠换的SNP,有7871个是基因同义突变,3711个黑白同义突变;位于基因间区的组合SNP突变有32339个,每一1000bp序列平均有2.4个单核苷酸多态性变换。比照全部基因组有8078个小片断插与缺失变换(InDel),基因其中插入的组合片断是3924个,缺失的比照片断是4154个,有7740个是基因纯合变换,有338个是组合杂合变换。有4256个基因发生了单核苷酸多态性变换,可是不基因发生小片断插入或者缺失的变换。
三、基因组结构变异合成
基因组结构变异(SV)指基因组水平上大片断的插入,缺失、颠倒、易位等序列。与参考基因组比对于发现,有129个大片断的基因组结构变异(图4)。其中缺失片断106个,颠倒片断2个,染色体外部迁徙7个,染色体间的迁徙14个,有44个发生在基因间区,64个结构变异发生在基因中。份BBE-17结构变异所波及的基因有109个,全副为缺失型变换(表1)。
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相干链接:单核苷酸,基因间区,基因组结
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